Champions of Anteria erzählt die Geschichte der extravaganten Champions, welch die versklavten Länder von Anteria befreien wollen. Schlacht um Schlacht müssen die Champions Anterias Gebiete von gegnerischen Fraktionen befreien und es mit furchterregenden Monstern, tödlichen Endgegnern sowie mit unberechenbaren Umgebungen aufnehmen, die von den Spielern abverlangen, ihre Kampftaktiken spontan anzupassen.
Die Spieler steuern fünf Champions, die jeweils über die Elementarkräfte Feuer, Wasser, Natur, Blitz oder Metall verfügen. Vor jeder Mission entscheiden sich die Spieler für drei Champions und wählen damit die strategisch wichtigsten Kräfte für die anstehende Aufgabe aus. Jedes Element ist noch stärker, wenn es gegen das jeweilige schwächere Element genutzt wird. Die Spieler müssen also vorausschauend entscheiden, welches Element am effektivsten gegen bestimmte Gegner ist und wann sie sich besser zurückziehen sollten. Das strategische Kampfsystem bietet zudem eine Pause-Funktion, damit die Spieler sich während den Kämpfen Zeit lassen und ihre nächsten Züge planen können.
Des Weiteren wählen die Spieler in jeder Runde ihren eigenen Weg zum Sieg, indem sie entweder ein angrenzendes Gebiet befreien oder eines verteidigen, das angegriffen wird. Zwischen den Missionen trainieren die Spieler ihre Champions in ihrer Heimatbasis und stellen dort mächtige Ausrüstungsgegenstände her.